Generation Gapパターン

http://www.hyuki.com/dp/dpinfo.html#GenerationGap

ソース生成ツールはベースクラスを作成し、人が行う実装はベースクラスを継承したものに対して行う。再度生成したときに人が書いた部分を上書きされずにすむ。

HibernateのHbm2Javaの場合

hbm2javaのconfigファイルの指定で可能。
generate prefixに指定した名前がクラス名の先頭につく。これをベースクラスとする。

http://www.hibernate.org/hib_docs/reference/ja/html/toolsetguide.html
の15.2.1. 設定ファイル(オプション)あたり