CygwinでJNIのコンパイル

http://www.pushaa.jp/~hizuki/soft/wiki.cgi?cygwin%A4%C7JNI%A5%E1%A5%E2

JNIのデフォルトの状態では、 jni_md.hというヘッダファイルの中でjlong型というものが __int64とtypedefされています。
MicrosoftのCコンパイラなどでは__int64というものがありますが、 gccの環境にはありませんので、コンパイルするときにこれをなんとかしなければなりません。
コンパイル時に毎回

-D__int64='long long'

と指定するか...